Sono presenti resti di antiche abitazioni intorno alla chiesa diroccata di Santa Margherita, ove situata anticamente il centro abitato risalente all'Alto Medioevo, in seguito spostato in località Santa Justa.[13] Abbiamo riferimenti a Calangianus nel Basso Medioevo, provenienti dagli archivi vaticani: risale al 1162 una bolla di papa Alessandro III che affida alle cure del clero di San Lorenzo di Genova la «Capella Sancti Jacobi del Calegnano». Si colloca in questo periodo la fuga, verso Calangianus, del nucleo abitato presso San Giovanni sul Liscia. Su questa antichissima tradizione i calangianesi considerano loro quella lontana chiesetta campestre (a 25 km da Calangianus), dove festeggiano san Giovanni Battista, il 24 giugno di ogni anno.
Nel 1300 compare per la prima volta il nome di Villa Calanjanus, facente parte della curatoria di Gemini Josso del Giudicato di Gallura, la quale non contava più di sessanta abitanti. Le carestie e le pestilenze che flagellarono tutta la Gallura non risparmiarono Calangianus che tuttavia, a differenza di altri centri, non venne abbandonato completamente e lentamente.
Dal Seicento in poi la cittadina ebbe un rilevante sviluppo demografico, diventando il secondo centro della Gallura per importanza nel 1400, per quanto potesse allora essere il centro più povero e più trascurato dell'intera curatoria. Un consistente flusso migratorio di genti calangianesi e tempiesi avvenne tuttavia nella seconda metà del XVII secolo, a favore della Villa di Terranova (l'attuale Olbia).[13] Infatti, siccome l'attività principale dell'entroterra era la pastorizia, il commercio per mezzo dell'attività portuale in via di sviluppo affascinava molti. Si deve proprio a questo fenomeno migratorio la diffusione della parlata gallurese nella parte orientale della Gallura e la ricrescita del centro di Olbia.
Le attività della Villa di Calangianus rimasero l'agricoltura e la pastorizia, in quella che è una realtà completamente diversa da quella del resto del Giudicato di Gallura: la popolazione calangianese rappresentava il secondo centro del Giudicato, ma anche tra quelli dove regnava maggior malessere.
